شرکت کشتیرانی والفجر در تاریخ ۲۲ اردیبهشت ۱۳۶۵ به عنوان شرکت سهامی خاص در اداره ثبت شرکتها به ثبت رسید و از اوایل مرداد ماه سال ۱۳۶۵ شروع به فعالیت نمود و در تاریخ ۲۳ آذر ۱۳۸۲ از سهامی خاص به سهامی عام تغییر یافت.